默克尔经历了第一次婚姻的失败，1982 年正式与其前夫乌尔里希·默克尔离婚。她现任（即第二任）丈夫是毕业并任教于德国洪堡大学博士教授、量子化学家Joachim Sauer，两人是1981年认识的，当时Sauer是她的博士研究生导师。

1985年两人各自离婚（绍尔的前妻是一名化学家，两人育有两个儿子，夫妻感情不和、早就分居，于1985年离婚）。1986年默克尔在博士毕业后，两人住到了一起。直到1998年，默克尔升任基民盟主席后，两人才正式结婚。